Mendeley permet crear bibliografies, cites, i organitzar-les fàcilment. Mendeley Desktop et permet organitzar des de múltiples recursos: Extractes bibliogràfics de PDFs de forma automàtica, gravar cites i documents de pàgines web amb un sól clic i sincronitzar amb altres gestors bibliogràfics.
Permet guardar informació de cites bibliogràfiques, pàgines web, registres manuals, etc. Permet la sincronització amb l'altre gestor bibliogràfic Zotero.